Действие сериала начинается в 2369-2375 годах во вселенной Star Trek. Пространство уже завоевано, везде строятся вокзалы, торговые пути, переходы и изучаются новые. Рядом с недавно освобожденной планетой Баджор от захватчиков Кардассианской Империи находится космическая станция «Дальний космос 9». Эта область, хотя и находится под совместным контролем команды Объединенной Федерации планет с начальником капитана Сиско, но на самом деле принадлежит Баджору. Майор Кира является главнокомандующим

Сюжет сериала вращается вокруг членов экипажа межгалактического космического корабля. Прошло уже 80 лет с момента последнего приключения космического корабля «Энтерпрайз», за которое многое изменилось. Космический корабль превратился в гигантский высокотехнологичный самолет, который считается лучшим в Федерации. Существенно изменился и экипаж: появились новые офицеры, инженеры и медперсонал. Ответственность за управление огромной машиной легла на плечи Жан-Люка Пикарда, нового капитана